Στις 30 Ιουλίου 1962, με την ευλογία της Αυτού Αγιότητας και ο Μακαριώτατος, ιδρύθηκε στην πόλη Mtskheta ο Καθολικός-Πατριάρχης All Georgia Eprem II. Με βάση αυτά τα μαθήματα, ιδρύθηκε ένα θεολογικό σεμινάριο το 1965. Στις 6 Οκτωβρίου 1988, με την ευλογία της Αυτού Αγιότητας και Μακαριότατου, ο Καθολικός Πατριάρχης Όλης της Γεωργίας, ο Αρχιεπίσκοπος της Mtsheta και η Τιφλίδα και ο Μητροπολίτης Tskhum-Apkhazeti, Ιδρύθηκε η Ακαδημία και το Σεμινάριο και το προαναφερθέν Θεολογικό Σεμινάριο Μτσκέτα αποτέλεσε τη βάση για την τελευταία.
Στις 13 Σεπτεμβρίου 1990 ιδρύθηκε υπό την αιγίδα της Ακαδημίας και του Σεμιναρίου Θεολογικό Ινστιτούτο, αποτελούμενο από δύο σχολές - τη Χριστιανική Ανθρωπολογία και τη Χριστιανική Τέχνη. Οι απόφοιτοι του Σεμιναρίου, της Ακαδημίας και του Θεολογικού Ινστιτούτου απέκτησαν το καθεστώς καθηγητών θεολογικών θεμάτων.
Στις 3 Οκτωβρίου 2005 προστέθηκε μία ακόμη σχολή στον προαναφερόμενο κατάλογο. ήταν η Σχολή Εκκλησιαστικής Αρχιτεκτονικής, Εικονογραφίας και Αποκατάστασης του Καναλιού και της Μνημειακής Εικονογραφίας. Την ίδια χρονιά, η Σχολή Χριστιανικής Ανθρωπολογίας μεταβλήθηκε στην Σχολή Ψυχολογίας και Μελέτης των Θρησκευμάτων, οι απόφοιτοι των οποίων απέκτησαν τα προσόντα ψυχολόγων και ειδικών στη μελέτη των θρησκειών. Εκτός από αυτό, η Σχολή Χριστιανικής Τέχνης μετατράπηκε στη Σχολή Χριστιανικής Τέχνης και Μελέτης των Θρησκευμάτων. Οι Απόφοιτοί του απέκτησαν τα προσόντα των Κριτικών Τέχνης και των ειδικών της Μελέτης των Θρησκευμάτων.
Στις 25 Δεκεμβρίου 2014, η Θεολογική Ακαδημία και το Σεμινάριο της Τιφλίδας έλαβε άδεια που τροποποίησε αυτό το εκπαιδευτικό ίδρυμα στην παρούσα του δομή. Σήμερα λειτουργούν πέντε σχολές: η Θεολογική Ακαδημία της Τιφλίδας, Θεολογικό Σεμινάριο της Τιφλίδας. Χριστιανική Ψυχολογία. Ιστορία και Θεωρία της Χριστιανικής Τέχνης. Εκκλησιαστική αρχιτεκτονική, εικονογραφία, αποκατάσταση του σκάφους και μνημειακή εικονογραφία.
